與臨床醫學專科有關，大概是從、致病機理、流行病學、自然史、症狀、症候、實驗診斷、影像檢查來鑑別診斷病症，這個科部包括了：感染科、一般內科、呼吸胸腔科、腫瘤科、新陳代謝科、胃腸肝膽科、血液病及淋巴瘤門診、腎臟科、心臟血管內科、風濕過敏免疫科及關節炎門診。

泛指與手術相關的科系，通常後面會有外科自樣，包括了：泌尿科、大腸直腸肛門外科、疼痛門診、整形外科、外傷整形外科、骨科、急症外傷科、胸腔外科、心臟外科、血管外科、一般外科、腦神經外科。美容中心雖然不見得動刀，但在長庚是歸類在外科部。

不屬於上述兩種或是兼有領域，或是牙科和眼科，則被歸類在其他，例如牙科、口腔外科、顱顏牙科、耳鼻喉科、婦產科、精神科、腦神經內科、復健科、放射腫瘤科、皮膚科、眼科，另外營養治療科也被歸類在其他。

這部分較無爭議，而中醫本身又分成婦科、內科、傷科、兒科、針灸科等五類。

至於兒科部的部分泛指小於18歲的青少年與孩童，特別獨立出來兒童內科與兒童外科，當然，也會有兒童其他專科，在兒科部之下的病症細項分類則與成人相同。

現場叫號分為兩種情況，根據護理師的叫號習慣而有不同：

第一種：依順序叫號，一個病人看完再叫下一個。

燈號準確，易預估就診時間。但每一位病人叫號都需先等待一下，確認沒有到診，才換下一位，看診速度慢。

在最後報到時間（11時）報到後，仍有可能要等待到下午1時才能看診。

第二種：快速叫號，先來先看。

燈號不準確，不易預估就診時間。但因護理師可視現場病人就診情況調配叫號，醫師看診有效率，現場到診後有可能一下就排到。

系統看診順序流程：順號2位、敬老號1位（如有）、檢查號1人（如有）、過號病人。

本院門診病人就診順序規範：順號→順號→敬老號→檢後再診號→過號→特殊狀況號，安排叫號順序。

例如：叫號機叫到50號，此時5號、2號病人與您先後報到，您是48號（過號），則看診順序為：51、52、敬老號、檢查號、5、53、54、敬老號、檢查號、2、55、56、敬老號、檢查號、您。（共計等待8~14人）。

檢查號（檢後再診號）：已看診的病人先前往檢查血液、X光…等項目，檢查完畢回到門診。

敬老號：85歲以上高齡。

尚未核發身份證的兒童可用戶口名簿代替，如尚未有戶口名簿請攜帶出生證明

有台大醫院新的看診紀錄之後，就會取消遠端掛號黑名單。如有被列入黑名單的情況，建議於預定看診日提前一天至台大醫院現場排隊預掛門診，下一次掛號就可以使用電話或網路掛號功能。

內科部、老年醫學部、家庭醫學部、神經部、基因醫學部、復健部、腫瘤醫學部、精神部、環境暨職業醫學部

外科部、骨科部、婦產部、眼科部、耳鼻喉部、牙科部、皮膚部、泌尿部、麻醉部

小兒部、小兒外科、兒童眼科、兒童耳鼻喉科、兒童牙科、兒童心智科、兒童皮膚科、兒童泌尿科、兒童骨科、兒童復健科、兒童營養諮詢、嬰幼兒及兒童青少年臨床心理

血友病中心、形體美容中心、乳房醫學中心、臨床心理中心、睡眠中心、瓣膜性心臟病暨微創治療、成人慢性病整合門診、特殊需求者牙科、影像醫學部、營養室、預立醫療照護諮商、安寧緩和醫療、核子醫學部