台北醫學大學附設醫院不斷致力於提供最先進的醫療服務，除了各科專科治療以外，並建立了多個專業中心，以滿足患者的多樣需求。包括質子治療中心在癌症治療領域的重要突破；顱顏中心，整合了外科、牙科、耳鼻喉科、復健科、兒科和精神科等多科別，為顱顏病患提供全方位的醫療服務；細胞治療中心，推動免疫細胞治療；生殖醫學中心，高品質的手術治療技術，並以40%的成功率在試管嬰兒治療方面領先全台；乳房醫學中心，提供各式乳房相關檢查和手術；體重管理中心多元的體重管理方案；健康管理中心和健康檢查，提供全面的健康評估；癌症中心，專注於癌症的治療和研究；美容醫學中心，提供各種美容和整形手術；血友病中心，為血友病患者提供支持；聯檢中心，簡化檢查流程；君蔚國際醫療中心，致力於提供國際水準的醫療；遠距醫療中心，採用遠距技術，擴展醫療服務範圍。